// Carico il documento XML

XmlDocument doc = new XmlDocument();
doc.Load(xmlFile.PostedFile.InputStream);
  
 // Elimino il nodo di dichiarazione xml (<?xml..

foreach (XmlNode n in doc.ChildNodes)
  if (n.NodeType == XmlNodeType.XmlDeclaration)
    doc.RemoveChild(n);
 
// Creo l'oggetto per firmare

SignedXml xs = new SignedXml();

// Creo un object con la lista degli XmlNode da firmare

// in questo caso il DocumentElement

DataObject data = new DataObject();
data.Data = doc.ChildNodes;
data.Id = "MyDocId";

// Lo aggiungo alla lista di oggetti da firmare

xs.AddObject(data);

// Indico che gli algoritmi RSA devono memorizzare

// le chiavi sulla macchina

RSACryptoServiceProvider.UseMachineKeyStore = true;

// Creo un algoritmo RSA per criptare il digest

RSA key = new RSACryptoServiceProvider();

// Indico di usare questo algoritmo

xs.SigningKey = key;

// Creo una KeyInfo sulla base dell'algoritmo

// per infomare il tipo di criptazione utilizzata

// e mostrare la chiave pubblica

KeyInfo ki = new KeyInfo();
RSAKeyValue rsa = new RSAKeyValue(key);
ki.AddClause(rsa);
xs.KeyInfo = ki;

// Aggiungo la reference al mio oggetto

// con lo stesso Uri dell'Id

Reference r = new Reference();
r.Uri = "#MyDocId";
xs.AddReference(r);

// Calcolo la firma

xs.ComputeSignature();
 
// Mando in output l'xml risultante

Response.Clear();
Response.ContentType = "text/xml";
Response.Write(xs.GetXml().OuterXml);
Response.End();